A Secretaria de Controle Externo (SECEX), subordinada diretamente ao Presidente do TCE-AM, tem por finalidade planejar, organizar, coordenar e supervisionar as atividades referentes ao controle externo. Além disso, tem a função de acompanhar e avaliar, pelos relatórios e dados estatísticos periódicos, elaborados pelos respectivos dirigentes, o desempenho de suas atividades internas.